Сама реставрация проводилась при помощи юго-западных военных формирований. Императорская гвардия была создана в 1871, а до тех пор собственной армии у нового правительства не было.  После роспуска вооруженных сил княжеств а затем упразднения самих княжеств в июле того же года, начался процесс создания на основе императорской гвардии регулярной армии. Этот процесс продлился вплоть до принятия закона о всеобщей воинской повинности в 1873 году. Согласно данному закону все граждане мужского пола, достигшие 20-летнего возраста, подлежали призыву на военную службу на срок в 3 года. Призыв осуществлялся по принципу: «по одному человеку от семьи». Однако имело место и освобождение от армейской службы. Оно распространялось на главы семей и их наследников, студентов, чиновников, а также на лица, уплатившие откуп в размере 270 иен. Формировалась Новейшая Императорская армия преимущественно из крестьянского сословия. Хоть и строилась новая армия по европейскому образцу, в ее идеологическую основу все равно легла средневековая самурайская мораль с культом императора — «живого бога», патернализмом, то есть, система отношений, базирующаяся на покровительстве, опеке и контроле старшими подопечных.

В одно время с военной реформой были созданы подразделения полиции, действовавшие отдельно от армии. До 1872 они находились в подчинении у Министерства юстиции, а со следующего года — у Министерства внутренних дел. Что же до столичной полиции, то она была сформирована в отдельное Управление токийской полиции.

Звание Верховного главнокомандующего принадлежало Императору. Армейский устав был разработан на основе документов для императорской гвардии и назывался он «Императорский наказ». Первоначально образцом для создания японской армии была армия Франции, однако, с 1885 года за образец была принята армия Пруссии благодаря ее жесткой иерархичной структуре, тем более что она только что разгромила французскую. Но в первую очередь японцев привлекало то, что Пруссия так же недавно приступила к модернизации. Занимаясь усиленным экспортом, она полученные средства вкладывала в промышленность и развитие горного дела, а быстрая индустриализация как раз и входила в число наиболее приоритетных для Японии задач.

8 января был произведен первый смотр императорских войск. С тех пор участие в маневрах и смотрах станет одной из важнейших церемониальных обязанностей Мэйдзи. Хотя ранее императоры никогда не выполняли функций полководцев, приближенные Муцухито посчитали, что тот должен больше соответствовать обычаям европейских монархов.